robocopy <source> <destination> /E /Purge

/E – копира със субдиректориите
/Purge – изтрива от destination липсващите файлове в source

Трябва да се отбележи, че командата копира съдържанието на посочените директории, без да копира самата source директория.

Под Linux ползвам rsync със следната команда:

rsync -r -n -t -v --progress --delete -s /source/some_dir /destination

В този случай rsync копира директорията some_dir в /destination/some_dir.